近年来，随着科技的不断发展，水产养殖过程中引入了多种养殖技术，然而，随之而来的是日益严重的污染问题。污染问题不仅带来了经济损失，更是对环境产生不同程度的威胁，本文分析水产养殖存在的自身污染问题，提出行之有效的防治措施。
1生物治水
用孔石药和对虾混养发现孔石药能吸收大量氮磷营养液，提高溶解氧含量，从而起到净水功能；利用石药净化养殖循环水，发现除去氮磷的效率很高，并且回收的藻类又可以当鱼贝类的饵料。
2合理规划
实际调研所需水域情况、功能等，分析其对各营养元素如氮、磷等的实际负载的能力，以此为依据来计算养殖容量，实现对水域的科学规划，并且在该条件下合理安排水产品种类密度、养殖的结构，从而使水体可持续利用。
3合理使用药物
在施用药物的时候，必须考虑到其对养殖水体的影响，因此要减少药物的使用量并且尽可能地使用天然药或是绿色水产药品以保持养殖水域的生态平衡。
水产养殖业不仅仅是一项渔业经济开发，在提倡绿色经济发展的今天，它与水资源的合理利用和保护紧密相连。而要实现绿色经济和可持续发展的道路，必须重视水产养殖自身污染所引起的环境问题，加强生态水产养殖基础理论的研究，创新新技术和生产模式，建立低耗、无污染的绿色水产养殖生态经济体系。同时，对于水产养殖者，更要加强对他们环境生态方面的教育，使其意识到绿色水产养殖的重要性。
