施用生物有机肥要想做到全面普及需解决以下问题：
产品质量需要提高 目前市场上的生物有机肥产品质量参差不齐，应用效果也不够稳定，一些产品的构成需要改进，存在较多质量问题。
研究力度急需加大 科研部门对微生物肥料的基础研究和应用研究明显落后于生产实际，许多阻碍应用效果提高的因子未能得到深入研究，多年来这种头重脚轻的生产应用格局和在科研方面长期投入极低的态势制约了应用发展。
认知程度需要矫正 在对微生物肥料的认识方面，近几年形成了较大误区，例如不能正确区分生物有机肥与无机肥。农民没有真正认识生物有机肥，也就不能合理利用生物有机肥，从而降低了微生物肥料的声誉。
产品管理有待待规范 目前管理还不太规范，产品标准也有待强化。国家虽然实行了登记证管理制度，但管理力度不够，不少未登记的企业或产品甚至假冒劣产品还在大张旗鼓地宣传、生产和销售。另外，对国外产品亟待规范，有的国外产品价格太高，故弄玄虚，严重损害了农民利益。
