微生物肥料（microbial manure）是由一种或数种有益微生物、培养基质和添加物（载体）培制而成的生物性肥料。通称菌肥或菌剂，是一间接性肥料。菌肥中微生物的某些代谢过程或代谢产物可以增加土壤中的氮、某些植物生长素，抗菌素的含量，或促进土壤中一些有效性低的营养性物质的转化，或者兼有刺激植物的生育进程及防治病虫害的作用。
一、微生物肥料的发展过程
在微生物肥料中，以根瘤菌剂的研究和应用为最早和最广泛。20世纪初，欧美的一些国家开始根瘤菌剂的商品生产。30年代，美国、苏联等国对自生固氮菌进行了多次试验和推广应用，70年代中期，巴西及中国学者先后在玉米根系上发现了联合固氮体系。随后的研究又证明，水稻、甘庶以及一些热带牧草待作物的根际均有很强的固氮活性，联合固氮作用很普遍。80年代中期，美国、以色列等在盆栽和大田试验中进行了研究和应用。磷钾细菌剂的应用研究始于20世纪60年代。
中国对菌肥的研究和应用起步较晚，1950年开始对根瘤菌、抗生菌等多种菌剂进行了全面的研究和应用。从欧美国家引进花生根瘤菌种的同时，筛选出大豆和根瘤菌和紫云英根瘤菌菌株，60年代福建、吉林、江苏等省还就自生固氮菌剂进行多点的肥效研究；70年代开始小麦等作物根际联合因氮菌的农业应用效果的研究。现在，随着农业生产能力的提高，国内微生物肥料市场越来越活跃，多种微生物肥料涌向市场，其中以“解磷解钾”型最据代表性。
二、微生物肥料的种类
微生物菌剂主要包括根瘤菌剂、固氮菌剂、磷细菌剂、钾细菌剂（硅酸盐菌剂）、抗生菌肥料、复合菌剂和菌根菌剂等。在中国农业上应用最广泛的是根瘤剂，其次是抗生菌肥料和固氮菌剂，近年来磷细菌剂和钾细菌剂应用也日趋广泛。出现以解磷解钾为主的硅酸盐菌剂（生物钾肥）和复合菌剂等代表性的微生物肥料。
三、微生物肥料的作用
微生物肥料对农业生产起着重要的作用，这不仅体现在改善土壤养分供应状况，而且体现在对作物生长的促进、抗病、抗逆性等方面。
1、 改善土壤养分供应状况。微生物肥料主要通过各种菌剂促进土壤中难溶性的养分的溶解和释放。目前市场上的微生物肥料以解磷和解钾较为代表。磷细菌剂，一方面通过磷酸脂酶分解土壤中有机磷化物；另一方面通过微生物代谢，产生的无机和有机酸溶解无机磷化物。钾细菌剂主要通过钾细菌代谢过程中产生酸性物质，促使含钾的矿物质分解，从而释放钾离子。硅酸盐菌剂的试验结果表明：用砂子培养40天，速效钾增加11-12%，速效磷增加90-110%，在适宜和条件下，施用硅酸盐菌剂以后，每天100克土壤矿物中能释放出18.7毫克钾素。同时，由于菌剂的代谢过程中，释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，改善了土壤中养分的供应情况。
2、 促进作物生长。微生物肥料的使用，促进了刺激素即植物生长调节剂的产生，调节、促进作物的生长发育。硅酸盐菌剂的使用，可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生；固氮菌剂，分泌维生素B1、维生素B2、维生素B12、和吲哚已酸生长素等，这些生长刺激素对于作物的生长发育有一定的调节和促进作用。
3、 增强作物抗病抗逆能力。微生物肥料中部分菌种具有分泌抗菌素的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌；同时大量的田间试验也证明，微生物肥料的应用可以降低病虫害发生率及增强作物的抗逆性能。如“5406”对水稻的烂秧、棉花和小麦烂种等有较明显的防治效果，同时能够减轻小麦锈病、水稻纹枯病等危害；硅酸盐菌剂对玉米斑病、棉花黄枯萎病、稻瘟病、小麦的白粉病、茎腐病等有一定的防治和抑制作用。同时它也有明显的抗旱、耐寒、抗倒伏的效果。
四、微生物肥料的合理应用
微生物肥料的肥效的发挥既受其自身因素的影响，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量因素；又受到外界其它因子的制约，如土壤水分、有机质、pH值等生态因子，所以微生物肥料的选择和应用都应注意合理性。
微生物肥料的选择。现在市场上存在着多种微生物肥料，其中大部分微生物肥料对促进农业生产起到了重要的作用，但也存在着一些被利益趋动的不法分子，制造假昌伪劣的产品来扰乱市场。农民没有充分的科普知识和必要的仪器来检测肥料的真伪，因此，在选择微生物肥料时，要注意：一是，检验肥料是否获得农业部正式（或临时）登记许可证；二是，向当地有关从事土壤肥料的机构（包括土壤肥料工作站、农科院或农科所等单位）进行咨询有关事宜。微生物肥料选择后，合理的施用也是十分必要的。
1、微生物肥料必须与当地耕作、水分管理等有关农业技术措施密切配合；
2、微生物肥料不宜久置，最好随制随用，随用随买，施用前应存放在阴凉干燥处，避免受热、潮及阳光直接照射；
3、微生物肥料一般不能同时与化学肥料施用。
4、 微生物肥料的施用方法一般有拌种、浸种、蘸根、基施、追施、沟施和穴施，以拌种最为简便、经济、有效。拌种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状，或液体菌剂加清水稀释，然后与种子充分拌匀，稍晾干后播种，并立即覆土。种子需要消毒时应选择对菌肥无害的消毒剂，同时做到种子先消毒后拌菌剂。
五、微生物肥料的贮存和运输
微生物肥料通常用塑料袋包装。袋口应密封，袋外标明菌剂名称、制造日期及有效施用方法，外包装要用纸或木箱，箱外也须标明菌剂名称和制造日期。菌肥宜单独贮存，不应与化肥、农药同仓共储；成品应低温保存，以免降低其存活率和感染力。产品的有效期限一般为3-6个月，过期失效。
