有机肥料的腐熟是通过微生物的活动，使有机肥料发生两个方面的变化，一方面是有机质的分解，增加肥料中的有效养分；另一方面使肥料中的有机质由硬变软，质地由不均匀变得均匀，并在腐熟中使杂草种子和病菌、虫卵大部分被杀死，从而更符合农业而生产的要求。
富含有机质的有机肥料，其养分形态绝大多数是迟效性的，作物不能直接吸收利用，如果把未腐熟的有机肥料施入土壤中，往往由于分解缓慢，不但当季肥效差，同时还会滋生杂草和传播病菌、虫卵等。
所以在农业生产上，常在施用前采取堆积的方式使农家肥腐熟。腐熟还能使农家肥释放养分，提高肥效，避免肥料在土壤中腐熟时产生某些对农作物不利的因素。如与幼苗争夺水分、养分或因局部地方产生高温，氨浓度过高而引起烧苗等。因此说，只有腐熟的有机肥料才有显着改善土壤性质的作用。
