一、供给农作物多种养料：有机肥又叫农家肥，是一种安全肥料。一般都含有农作物所需要的各种营养元素和丰富的有机质，既含有氮、磷、钾，又含有硼、钼、锌、锰、铜等微量元素及生长刺激素。
二、减少土壤养分固定，提高化肥肥效：有机肥料减少养分固定，提高化肥肥效的主要机制是有机肥料的“螯合作用”。所谓“螯合作用”就有机肥料中的腐殖酸与土壤中的无机盐类形成一个配位体，使它们之间相互结合得很牢固，减少营养元素与土壤间发生的化学反应，提高肥料的有效性，提高化肥利用率，使化学避免流失和污染，提高农产品的品质。有机肥料分解中，产生的各种有机酸和碳酸，可以促进土壤中难溶性磷酸盐的转化，提高磷的有效性。有机肥料中的养分，大多呈有机状态，必须经过微生物分解后转化为作物吸收的无机态，这一过程是缓慢的，逐渐转化释放养分。因此，有机肥不仅当年有效，而且有较长的后劲，性稳而不暴。
三、增加土壤微生物数量和提供所需要的能量：有机肥不仅是农作物的粮食，而且也是土壤微生物的粮食。有机肥料含有大量微生物，大多数微生物依靠现有的有机质维持生命，土壤中有机质丰富，促进微生物旺盛活动。微生物在新陈代谢过程中，放出大量的酶，生成一种黑色或褐色的腐殖质，能持久而稳定的供给微生物的能量，为微生物创造了良好的生活环境。
四、改善土壤的物理性质：腐殖质为胶体物质，并具有水稳性的主要物质。土壤腐殖粘结力比粘土，粘着力小10.5倍，而比沙粒，使沙质不散，粘质土发暄。提高沙土保水保肥力，对粘性土壤能减少它的内聚力，使它变疏松，利用耕作和排水，延长土壤宜耕期。腐殖质还有增深土壤颜色，起吸热增温作用，有利于种子萌芽和作物生长。腐殖质吸水能力强，一般可以吸收本身重量9至25倍水，有助于作物的抗旱和抗涝。
五、增强土壤保肥性和缓冲作用：有机肥料具有多方面的作用，其核心部分是有机胶体，有机胶体具有胶结，有机胶体具有胶结力、代焕性等。有机肥料中集中了大量的有机胶体，离子交换能力强，相当于土体10至20倍，从而大大的增加了土壤中的钾、钠、钙、镁、铁、铝等吸收。
六、减轻土壤污染：腐殖质能吸收某些农药，有机质与重金属离子形成的螯合物等，易溶于水，可以从土壤中排出，能消除农药残毒及减轻重金属污染土壤。
