麝鼠与其他多数啮齿动物一样，除繁殖期母鼠阴道口裂开外，一般都被封闭，因此从外形不易区分性别。在生产实践中我们可以采用以下几种方法加以区分：
肛门到外阴部之间的距离 公麝肛门到阴茎口之间的距离比母鼠肛门到尿道突起之间的距离长1／3左右。
公母麝鼠外阴部被毛特征 公麝会阴部被毛致密，而母鼠会阴部被毛稀疏，尤其靠近尿道突起后方，有明显的秃毛区。这个特征成年母鼠更为明显。
翻扒尿生殖孔来识别 将麝鼠保定后，用拇指和食指按压尿生殖孔两侧，使其外翻，若能露出紫红色圆形龟头则为公鼠，母鼠则呈粉红色空洞，此方法可以用于1月龄后的幼鼠的鉴别。
以排尿方向及特征来识别 公鼠多向头部方向排尿，而母鼠则多向后臀部方向排尿；公鼠排尿后，尿道口滞留有浓厚气味的乳白色分泌物，母鼠没有此特征。
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