南瓜对土壤条件要求不严格，但要获得优质高产，应施足基肥。在前茬作物收获后，要及时清洁田园，深翻土地，以改良土壤的物理和化学性状，从而提高地温，有利于早发秧。
施基肥可采用普施或集中施入。普施基肥应在耕地前施入，随耕地翻入土壤中；集中施肥是在耕地做畦时施入畦中或沟内。再将畦深刨搂平。集中施肥，养分集中，有利于南瓜更充分和快速地吸收、利用。一般要求每667平方米施优质腐熟有机肥5000～7000千克，同时加入过磷酸钙30～50千克（可将过磷酸钙与有机肥提前堆积发酵），还可以加入饼肥200～300千克、草木灰50千克左右。撒完肥后再深耙一遍，使肥土混合均匀，即可做畦。一般栽培畦长6～8 米，宽1.5～2米。
在南方栽培，由于春季多雨，通常可采用深沟高畦栽培，以利排灌。畦宽因品种、前茬作物和栽培方式不同而有所差异。一般畦宽（连沟）为1.5～1.7米，每畦可种2行。与其他作物间作或栽种越冬作物时，要预先留出种植南瓜的位置。
当肥源不足时可在种植南瓜的栽培畦或小畦中集中施肥。每667平方米施入4000～5000千克腐熟农家肥。集中施肥后再深翻1次，使土和农家肥混合均匀。还有的地方按南瓜株行距挖定植穴（或称打窝子），即挖宽40～50厘米，深13～16厘米的穴，再将粪肥施入穴内，并与穴内泥土混匀，等待移栽。每 667平方米约需农家肥2000千克。
