作为药用，以产于河南温县一带的“怀菊”最为有名，是四大怀药之一。其次为安徽的“亳菊”、“滁菊”、浙江的“杭菊”。四川的“川菊”和山东的“济菊”等。菊花有很高的药用价值，怀菊就属于药用菊。祖国医学认为，菊性寒，历经寒暑，得天地之清气，有清熟、解毒、祛风、平肝、明目等功效。根据中医的传统经验，白菊花长于平肝明目，黄菊花多用于散风清熟。因此，明目多用怀菊，清熟多用杭菊。《神农本草经》羽：“菊服之轻身耐老。”说明菊花有一定的补益作用。从汉代起，重阳节有饮菊花酒的习俗；而今，菊花不但有清香之气，使人神怡，而且有明目、祛暑的作用，可缓解两眼昏糊、头晕、头痛等。将菊花晒干，装入布袋中作枕芯，名“菊花枕”，枕之使人闻到芳香，有清脑明目，降低血压之功。《本草纲目》就有“菊花作枕明目”的记载。
现代医学研究证明，菊花有很好的抗菌扩张冠状动脉血管作用，既可风服，又可外用。药理研究证实，菊花的清熟解毒功效，在于它有广普抗菌作用，对多数皮肤真功菌葡萄球菌、链球菌痢疾杆菌、绿脓杆菌和流感病毒等具有较好的抑制作用。将菊花制成流浸膏外用，可治子宫颈麇烂；用菊花煎汤熏洗，可治湿疹和皮肤瘙痒。如患痈肿疔毒、淋巴腺发炎，可煎汤内服，并取鲜菊花捣烂取汗涂患处；关节炎患者，可用菊花、陈艾作芯、做成护膝，有消炎止痛作用。菊花配鱼腥草、忍冬藤，煮汤内服，可防止流行性感冒。用菊花泡茶饮，有辅助降压效果。
近年来，菊花的身价倍增，医药科研单位发现它含有丰富的黄酮，这类化合物有扩张冠状动脉的作用，能增加冠状动脉的血流量，对心绞痛有一定疗效。用怀菊花浸出物治疗冠心病患者，有效率达58%以上，尤其对伴有高血压、心绞痛的患者，有很好的疗效。
