人们经常食用的木耳，主要有两种：一种是腹面平滑、色黑、而背面多毛呈灰色或灰褐色的，称毛木耳（通称野木耳）；另一种是两面光滑、黑褐色、半透明的，称为光木耳。毛木耳朵较大，但质地粗韧，不易嚼碎，味不佳，价格低廉。光木耳质软味鲜，滑而带爽，营养丰富，是人工大量栽培的一种．
黑木耳由菌丝体和子实体两部分组成。菌丝体无色透明，是由许多横隔膜和分枝的管状菌丝组成，它是黑木耳分解和吸取养分的营养器官。子实体是食用部分，它是黑木耳的繁殖器官。子实体初生时为杯状或豆粒状，逐渐长大后变成波浪式的叶片状或耳状。许多耳片聚集在一起呈菊花状。
新鲜的子实体半透明，胶质，富有弹性，直径一般为4-6厘米，大者可达10-12厘米，干燥后急剧收缩成角质，且硬而脆。子实体有背腹面之分，背面（贴耳木的一面）凸起，呈暗青灰色，密生许多柔软短绒毛（这种毛的特性在木耳分类上非常重要），这种毛不产生担孢子。腹面下凹，表面平滑或有脉络状皱纹，呈深褐色或茶色，成熟时表面密生排列整齐的担孢子。
在显横镜下观察，担孢子呈肾形，大小为9-14×5-6μm，无色透明，许多担孢子聚集在一起呈白粉状。子实体干燥后，体积强烈收缩，担孢子像一层白霜粘附在它的腹面。当干燥的黑木耳吸水膨胀后，即会恢复其原来新鲜时的舒展状态。
