微生物肥料含有益微生物菌种和多种代谢产物，其菌体能在农作物体表和根际生存，并利用其生命活动及其新陈代谢过程，为宿主生长提供必需的营养元素、刺激素、拮抗物、氨基酸、活性酶、多糖等物质的一类微生物产品，在农业生产上具有特定的肥料效应、生长调节效应、防病虫效应和土壤生物修复效应等功效。中国微生物肥料目前已发展到第三代肥药兼效型微生物肥料。
微生物肥料可以增加土壤中有益菌数量，把无效养分转化为有效养分供农作物吸收;平衡菌群结构，改善土壤环境，降解土壤有害物质，疏松土壤提高肥力;诱导和开启作物次生代谢途径，增强抗性和防控病虫害发生，减药控害;刺激作物内源激素代谢，调理自体生理健康，促生长促早熟，提高品质。微生物的生物转化、生物防治和刺激生长作用是任何肥料不可取代的，含微生物的肥料是活性肥料，既能固氮解磷解钾、转化土壤潜在肥源、促进农作物对养分的吸收利用，降低化肥用量和提高化肥利用率，又能不用或少用化学农药就能达到有效的抗逆和植保效果。
微生物肥料也有一些值得改进的地方。化肥是农作物吸收的直接营养元素，微生物是通过转化提供;微生物防病防虫效果慢，要增产稳产必须与化学农药相结合。化肥是给农作物施肥，生物有机肥是给土壤施肥，因此生物肥与化肥相结合才能达到种地养地的效果。而且并不是菌数越多越好，关键在于有效菌的定殖生存能力及其分泌代谢产物剂量。在使用时，应提早使用，预防效果才好。
