生物有机肥是以畜禽粪便、农作物秸秆、农副产品和食品加工产生的有机废弃物为原料，配以多功能发酵菌种剂，快速除臭、腐熟、脱水后，再添加功能性生物菌种剂加工而成的含有一定量功能性微生物的有机肥料。它符合生产安全、无公害绿色农产品的肥料原则要求，是一种非常有应用前景的肥料品种。在施用生物有机肥时掌握正确的方法才能达到最好的施用效果。
首先，生物有机肥施入土层不宜过深。因为生物有机肥是依靠其活性菌起作用的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现，因此施入太深会影响生物菌活性。生物有机肥以施在地表下10—15厘米处为宜。
其次，生物有机肥与其他种类的肥料包括粪肥（生鸡粪等）配比要合理。给蔬菜施肥的原则是生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全。在施用时应注意，生鸡粪盐分含量多，复合肥氮、磷、钾配比多种多样，选用肥料时，应视蔬菜种类、土壤条件等，先计算，再配比，后施用。
另外，生物有机肥穴施效果更好，特别是棚室蔬菜生产中，连作重茬不可避免。即使施用了一些生物肥、微肥，由于受到温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，有益微生物很难快速发挥作用，如果穴施生物有机肥，一方面可快速促进活化土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育；另一方面可缓解因有机肥腐熟不充分、化肥未分解形成养分空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进根系良好的发育。
