现在农技部门都鼓励农民使用微生物肥料，它可以提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高农产品品质。但用后农户反映效果不稳定，同一批次的产品在不同作物、不同时期、不同用量的情况下效果差异很大。经过调查发现，农户使用微生物肥料中存在诸多误区。
误区1 用见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好微生物产品。
微生物在土壤中的生命活动，除了会分解难溶及被固定的元素，增加营养元素的供应量，利用自然界的物质转化为植物生长所必须的物质，促进作物产量提高外，还能产生植物生长刺激素和具有拮抗某些致病微生物的作用，可减轻作物土传病虫害的发生。
化学肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量紧密相关。菌群生长存在生命周期，这一点是微生物肥料与化学肥料和植物调节剂的最大区别，这也就是为什么微生物肥料速效性不如化学肥料与植物调节剂。
见效慢并不意味着菌剂及菌肥没有效果的，能在较短时间内看到作物长势明显改善的品种也未必是好的微生物肥料产品，其中也不乏一些添加了植物调节剂的产品。
误区2 认为一种产品中菌的种类越多、含菌量越大越好。
复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。菌衡量标准为“有效活菌数（CFU）”，单位为“亿/克或亿/毫升”，但数量不能代表全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果越好。影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用，国家标准规定农用微生物菌剂产品杂菌率分别为：液体≤10%，粉剂≤20%，颗粒≤30%；复合微生物肥料产品杂菌率标准为：液体≤15%，粉剂≤30%，颗粒≤30%：市场上少数不合格产品中会含有致病菌，本意是用有益菌修复土壤，使用了不合格品种，反而会引起致病菌繁殖，导致病害发生。
误区3 一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年。
微生物菌施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群。有益菌群能否成为优势菌群关键在于土壤环境是否适合有益菌扩繁，如化肥超量使用、杀菌剂频繁使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要确保有益菌群的优势地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌和营造一个适合有益菌繁殖的环境。
误区4 不注重菌株的差异性，认为一种菌就具有同样的功能。
少数用户在选购微生物肥料时只注重是不是含菌，而不关注菌的种类和菌株的来源，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌种，产品效果难以发挥，难以达到用户的目的。
现阶段在农业部获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。
微生物肥料的作用会体现在六个方面：
提供或活化养分；
产生促进作物生长的活性物质；
促进有机物料腐熟；
改善农产品品质；
增强作物抗逆性；
改良和修复土壤功能。
要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。
